Según el artículo 47, del Reglamento de la Auditoría Interna, serán deberes del Auditor o Auditora Interna, el subauditor o subauditora interna y los demás funcionarios y funcionarias de la Auditoría Interna, los siguientes:

a) Los señalados en el artículo 32 de la Ley General de Control Interno

b) Los contemplados a lo largo del Reglamento Interno de Auditoría de la Institución

c) Las que le impone el Manual de Organización y Funciones de la Auditoría Interno

d) Los que establece la Contraloría General, en manuales, resoluciones, lineamientos, circulares, directrices y otros documentos que son de carácter obligatorio

e) Los que le impone el Manual de Clases de Puestos (institucional)

f) Todos aquellos que contemplen la normativa legal, reglamentaria y técnica aplicable, emitida o las demás instituciones de control y fiscalización competente